- 1784: elegido miembro extranjero de la Real Academia Sueca de Ciencias.
- Su imagen figura en los antiguos billetes de 2000 pesetas españoles, siendo el primer billete de la serie España en América, que se puso en circulación. Al reverso del billete figuraba el dibujo de Mutisia realizado por sus ayudantes y dibujantes.
- También aparece en el billete de 200 pesos de Colombia emitido entre 1983 y 1992. El anverso del billete muestra la imagen de José Celestino Mutis y el Observatorio Astronómico con una marca de agua a la derecha. Y en el reverso tiene la imagen del Claustro del Colegio Mayor de Nuestra Señora del Rosario, hoy Universidad del Rosario, Bogotá.
Epónimos
- Colegio Mayor José Celestino Mutis, Bogotá, (Colombia)
- Colegio José Celestino Mutis Ocaña, Norte de Santander, (Colombia)
- Aeropuerto José Celestino Mutis, Bahía Solano, Departamento del Chocó, (Colombia)
- Jardín Botánico José Celestino Mutis, Bogotá, (Colombia)
- Avenida José Celestino Mutis, Bogotá, (Colombia)
- Parque Botánico José Celestino Mutis, Palos de la Frontera, (España)
- Parque José Celestino Mutis, Sevilla, (España)
- Colegio Inem José Celestino Mutis, Popayán, Cauca, (Colombia)
- Instituto de Educación Secundaria Celestino Mutis, Madrid, (España)
- Institución Educativa José Celestino Mutis, Medellín, (Colombia)
- Parque José Celestino Mutis, Cádiz, (España)
- Biblioteca Municipal José Celestino Mutis, Cádiz, (España)
- Colegio Público de Educación Primaria José Celestino Mutis, Cádiz, (España)
- Calle de José Celestino Mutis, 11002 Cádiz, (España)
Taxones dedicados
A Celestino Mutis se le han dedicado numerosos taxones, principalmente especies vegetales, algunos ejemplos:
- Acalypha (Linostachys) mutisii, una especie de euforbia de Colombia.
- Aegiphila mutisi, una especie de Verbenaceae.
- Duranta mutisii, el espino cruceto, otra Verbenaceae.
- Mutisia, un género introducido por el hijo de Linneo en su honor, ampliando el significado que le dieron los alumnos de Mutis.
- Pheidole mutisi, una especie de hormiga
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